- Assessoria de Gestão de Segurança de Informação - AGSI
- Cargos e Funções Comissionadas
- Assessoria de Exame de Admissibilidade Recursal - AADM
- Assessoria Administrativa da Presidência - AAPR
- Assessoria de Concursos para Magistrados e de Apoio Especializado - ACMA
- Assessoria de Apoio Especializado da Presidência - AESP
- Assessoria Executiva da EMARF - ASEC
- Assessoria Executiva da Presidência - ASEX
- Assessoria Judiciária da Presidência - AJUD
- Assessoria de Relações Institucionais e Cerimonial - ARIC
- Centro Cultural Justiça Federal - CCJF
- Coordenadoria de Apoio aos Magistrados - COOMAG
- Divisão de Atividades Executiva e Jurisdicional - DIAEJ/COJEF
- Gabinete de Segurança Institucional - GSI
- Núcleo de Apoio ao Gabinete - NAGAB
- Núcleo Permanente de Métodos Consensuais de Solução de Conflitos - NCON
- Núcleo de Justiça Federal Itinerante da 2ª Região - NJFI2
- Diretoria Geral - DG
- Secretaria de Atividades Administrativas - SAT
- Secretaria de Atividades Judiciárias - SAJ
- Secretaria de Auditoria Interna - SAI
- Secretaria de Gestão de Pessoas - SGP
- Secretaria de Infraestrutura e Logística - SIE
- Secretaria de Planejamento, Orçamento e Finanças - SPO
- Secretaria de Tecnologia da Informação - STI
- Secretaria do Tribunal Pleno e das Seções Especializadas - STPOESE
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